Космічний лінкор Ямато
2199 року інопланетна раса з Імперії Гамілус на чолі з Лордом Деслером нападає на Землю, щоб завоювати її. Оскільки їхньою рідною атмосферою є радіація, то вони обстрілюють радіоактивними астероїдами поверхню планети, роблячи в результаті життя на її поверхні непридатною для людей, через що людство змушене піти під землю. Однак радіація має свій руйнівний вплив навіть на підземні міста. Тим часом на Марсі зазнає аварії космічний корабель іншої цивілізації. На борту Сусуму Кодай та Дайсуке Сіма знаходять загиблу дівчину з посланням від правительки планети Іскандер. У розшифрованому посланні Старся Іскандар пропонує землянам допомогу у боротьбі з космічною загрозою, запрошуючи їх на свою рідну планету, де є певний пристрій, здатний очистити поверхню Землі від радіоактивного забруднення. До послання було прикріплено інструкцію створення потужного космічного двигуна. Відшукавши на планеті корабель Ямато, який затонув ще під час Другої Світової війни, головні герої модифікують його і під командуванням капітана Дзюдзо Окіти вирушає в космічне плавання прямісінько до Іскандера. Проте, екіпаж Ямато має рівно рік, щоб здійснити цю подорож, інакше людській расі прийде кінець.